Управление на транспорте МВД России по Северо-Кавказскому федеральному округу тесно взаимодействует как с организациями правоохранительной направленности, так и с органами исполнительной власти, местного самоуправления и другими учреждениями и организациями по вопросам оперативно-служебной деятельности.

В 2013 году руководство Управления приняло участие более чем в 75 выездных совещаниях различного уровня, в том числе около 30 – в органах исполнительной власти и местного самоуправления регионов.  

В 2014 году 27 февраля в г. Пятигорск прошло Межведомственное совещание с представителями Генеральной прокуратуры Российской Федерации и руководителями правоохранительных органов в СКФО и ЮФО по теме: "О результатах работы правоохранительных органов в СКФО и ЮФО по противодействию незаконному обороту оружия, боеприпасов, взрывчатых веществ и взрывных устройств, а также практике раскрытия, расследования в судах уголовных дел указанной категории".